A história do anime se passa no ano 2387. O planeta Maris é considerado uma Segunda Terra, onde há uma grande colônia de seres humanos. Neste ano Maris é invadida pelo império Noza que inicia um violento ataque aos habitantes do planeta. O objetivo dos Nozas é usar o planeta para perpetuar a espécie antes que a última geração pereça. Mas a situação começa a mudar quando são encontradas três pistolas com alto poder de fogo. Estas pistolas recebem o nome de Zillion. É formada uma equipe especial com três agentes de elite que terão a missão de enfrentar os Nozas. A equipe conta com Champ, Apple e J.J., Dable (Dave), Amy (Emi) e o robô Bongo (Opa-Opa, personagem do jogo Fantasy Zone da Sega). O esquadrão liderado pelo chefe Gordon (Gord) recebe o nome de White Knights (erroneamente traduzido do original White Nuts). O império Noza era comandado pela rainha Adamis (Admiss) e pelo Barão Ricks.
