A história se passa no ano de 2016, durante a última era sobre a qual a magia ainda mantinha uma forte influência. A organização de sobrevivência e segurança da humanidade Chaldea foi estabelecida para observar o mundo que só pode ser visto pela magia e pelo mundo que só pode ser medido pela ciência; bem como para evitar a extinção final da humanidade. Graças aos esforços de muitos pesquisadores, o caminho da história humana foi assegurado por 100 anos no futuro. Entretanto, sem aviso, o reino do futuro que estava sob observação constante por Chaldea desapareceu. A extinção da humanidade em 2017 foi observada - não, confirmada. A causa aparente da extinção foi na cidade japonesa de Fuyuki em 2004. Nessa cidade, havia um "reino inobservável" que nunca existiu até agora. Caldeia emitiu a Grande Ordem para uma "Expedição do Santo Graal", para investigar, descobrir e possivelmente destruir a singularidade que aparentemente causará a extinção da humanidade.
