No alvorecer do século XXI, a magia, há muito tempo considerada como folclore e contos de fadas, tornou-se uma tecnologia sistematizada e é ensinada como uma habilidade técnica. Na Primeira Escola Secundária, a instituição para mágicos, os estudantes são separados em dois grupos com base em suas notas de vestibular: "Blooms", aqueles que recebem altas pontuações, são designados para o Primeiro Curso, enquanto "Weeds" são estudantes de reserva designados para o primeiro curso. Segundo curso. Mahouka Koukou no Rettousei segue os irmãos, Tatsuya e Miyuki Shiba, que estão matriculados na Primeira Escola Secundária. Ao fazer o exame, o prodígio Miyuki é colocado no Primeiro Curso, enquanto Tatsuya é relegado ao Segundo Curso. Embora seus resultados de testes práticos e status como uma "erva daninha" mostrem que ele é magicamente inepto, ele possui conhecimento técnico extraordinário, capacidade de combate físico e técnicas mágicas únicas - tornando Tatsuya o irregular em uma escola mágica.
